楠梓（楠仔坑）在早期是旗山、岡山、鳳山「三山」的農產品匯集地，及交易場所。楠仔坑和橋仔頭兩地也是公路、鐵路的重點站。
主後一八六七年英國長老教會派李休( Rev. Hugh Ritchie )至台宣教，在旗後（今旗津）開辦傳道師培養班，因宣教士常往返高雄及台南之間，而楠仔坑、橋仔頭是途中必經之地，所以常常於此休息，並宣揚基督教真理。
一八七二年（清朝同治十一年，及馬雅各醫師來台宣教第七年）在橋仔頭設立教會，稱為「耶穌教安息堂」，聚會人數約在四十人左右。爾後，信徒漸漸增加，便於一八八九年向英國教士會請求，將橋仔頭「耶穌教安息堂」遷移至楠仔坑。因當時楠梓街熱鬧、人才又多，便決定為設立教會，速購買土地、房屋作為禮拜堂以利傳福音。
主後一八八九年（清朝光緒十五年）十二月九日信徒在楠梓街（現址）買下一片土地，金額為壹佰貳拾圓（英國教士會補助四十圓），正式設立禮拜堂稱為「耶穌教堂」。
設立教堂後，每週主日禮拜出席人數，上、下午大人各約六十人，小兒約二十人。於是在主後一九０三年聘黃能傑先生（及前台南神學院院長黃彰輝牧師祖父）為第一任牧師。
- 一九０四年一月三日分設舊城支會，即現在舊城教會。翌年二月十九日開辦主日學，帶領小孩認識及親近主耶穌，建立宗教教育基礎。
- 一九０九年分設阿公店支會，即今岡山教會。
- 一九二七年更成立幼稚園，藉托兒教育，將基督的精神、道理傳給小孩與家長。
- 一九二八年（日本昭和三年）經信徒和會通過建堂議案，於八月仿希臘羅馬式的建築體，開工興建現今禮拜堂，以鋼筋混凝土磚造兩層樓，隔年二月十日完工，並舉行獻堂感恩禮拜，正式稱為「楠梓教會堂」，隸屬南部台灣基督長老教會。
- 一九五０年分設橋頭教會。
- 一九五三年七月為本教會設教八十週年紀念，並興建牧師館。
- 一九五六年再分設仁武教會。
- 一九六五年以後，先後分設屏山及大社教會。
- 一九八七年六月經由葉瓊澬、莊貽謀兩位長老努力奔走，終於向市政府買下做為托兒所遊樂場的土地（面積一七八平方公尺）。
- 二００五年九月臨時會員和會通過購買隔壁（楠梓路139號）的土地、房屋，經由小會推派林德仁、吳厚生兩位長老與地主洽談，終於以新台幣捌佰伍拾萬元買下該筆土地（面積二八四平方公尺）。
在禱告中，感謝主恩，幸得台南中會博愛教會宋元信牧師推存剛從民族路教會退休的洪溫柔牧師來幫忙推動聖工，造就聖徒的靈命得以長進。洪牧師與師母於二００五年十月一日遷住以來，立即探訪、加強各機構的聯繫、家庭禮拜、週間禮拜、各團契的聚會……等等工作。
感謝主恩，楠梓教會雖已分設六間教會，但目前主日禮拜人數仍約有一百九十人，週間禮拜約五十人，家庭禮拜約三十五人，實為一頗具規模之百年教會，來日將是一間「最好最美，蒙神祝福的教會」。
